听，即听之。速设法除全匪；全复,华兵去,日自息。如有要挟，仍可坚持不许。”
九日拂晓，八重山驶至丰岛附近海面，与担任警备的日舰筑紫号相遇，得知中**队业已到达牙山湾。下午三时，八重山进入仁川港。在此之前：日本常备舰队司令海军中尉伊东祐亨正率松岛、千代田、高雄三舰停泊于福建闽江口之马祖岛，西乡从道令其回航釜山。伊东留速力迟缓的高雄在后，即率松岛，千代田二舰急驶釜山。日本驻釜山总领事室田义文向伊东传达了海军大臣“赴仁川”的命令。伊东即留高雄于釜山，率松岛和千代田启航，稍后于八重山而抵仁川。此时，泊仁川港的日本军舰为松岛、千代田、八重山，筑紫、大和、赤城六艘，而中国仅有济远、扬威、平远三舰。日本海军力量远远凌驾于中国海军之上。
伊东祐亨抵仁川后，即至八重山舰会见大鸟圭介，商讨进兵的计划。当时决定，大鸟于明日登岸赴汉城任所，伊东则自各舰抽调人员编成联合陆战队登陆护卫。联合陆战队由松岛副舰长海军少佐向山慎吉任指挥官兼大队长，海军大尉中川藤次郎为大队副官，海军大尉岛村速雄，井上保为大队参谋，包括海军大尉谷雅四郎、仙头武夫为中队长的两个中队的枪队，及海军大尉名利又八郎为中队长的一个中队的野炮队(有野炮四门)，共官佐二十八人，士兵四百零五人。当天晚上十时许，陆战队全部上岸，驻扎于仁川日租界。十日凌晨三时，全队集合于日本总领事馆。四时，枪队和炮队同时出发：枪队由陆路护送大鸟进入汉城，炮队取道水路，乘汽船顺明号溯汉江而上，在龙山登陆。是日下午，大鸟在麻浦乘渡船过汉江，自南门入城，于午后六时四十五分抵公使馆。
先是朝鲜政府接到日本出兵通知后，外务督办赵秉稷曾于八日派主事李鹤圭至日本公使馆，质问其出兵理由。及至闻大鸟圭介将率兵入京，急遣外务衙门参议美人李仙得及外务参议闵商镐至仁川劝阻，因大鸟已从仁川出发，未能遇上。朝鲜政府又派外务协办李容植迎至汉江左岸，在麻浦附近会见大鸟，告以京城平稳，勿需率兵入城，井劝其返回。双方争论相当激烈，大鸟坚持不允，终于当天十日午后六时半入京。联合陆战队除一小队驻木觅山之麓外，余均随大鸟入城，设大队本部于市川旅馆内。十一日，赵秉稷亲访大鸟，抗议日兵入京，并要求日本急速撤兵。日本国内还在继续动员增兵朝鲜，大鸟当然不会接受朝鲜政府的撤兵要求，因此断然予以拒绝。六月十二日，根据李鸿章的指示，叶志超委派聂土成为前敌营务处，负责剿办事宜，本人则暂驻牙山以待命。但是，聂军并没有同东学党起义军直接交仗。聂士成只是派弁兵一百人，随带翻译，持告示前往全州招抚。告示共三种：其一，晓谕起义军解散。其中有“尔国王发电告急，我中朝爱恤属国，不忍坐视不救，奉谕钦差北洋大臣李奏派本统领率带马步枪炮大队前来助剿。特念尔等本属良善……大兵到日，尔等能悔罪投诚，洗心革面，均予免杀”等语。其二，“谕示商民各安其业，毋得惊恐”。其三，申明军纪。有“奉宪檄饬，防营远征，保护藩属，护卫商民，自行军旅，纪律严明。今入朝鲜，军令重申，购买物件，照给钱文。如有骚扰，或犯别情，军法从事．决不稍轻”等语。这三种告示被日本间谍送报日本驻朝公使馆。不久，“汉城饬弁持倭使大鸟圭介来咨，诘问前日所出告示是否真伪”。果然，后来大鸟圭介便就聂士成告示中“我中朝爱恤属国”、“保护藩属”的语句大作起文章来了。其实，聂士成派人招抚起义军之日，正是起义军退出全州之时。先是东学党起义军攻陷全州后，两湖招讨使洪启薰又返军攻城，因起义军防守严密，久难攻下。朝王一面处分引起事件的责任者，将全罗道观察使金文铉革职，流配济州岛，并将古阜郡守赵秉甲革职，系械监禁；一面急发最后的精锐江华枪炮队四百及京城、平壤监营兵二千增援，并命严世永任三南招抚使，同新任全罗道观察使金鹤镇赴任，与洪启薰协力从事。从派“招讨使”到再派“招抚使”，说明朝鲜政府对东学党起义军的政策巳由“主剿”转为“主抚”了。严世永抵达全州后，先布告朝王处罚负此次事件责任的地方官吏，以缓和起义军的敌对情绪，继之以劝谕，表示政府愿意妥商解决此事。此时，全琫准已获悉中日两国出兵的消息。在这种情况下，严世永代表朝鲜政府接受了起义军提出下列十二条件，于六月十一日共同签订了休战协定，即所谓《全州和约》。
聂士成之抵全州，已是七月五日，亦即东学党起义军退出全州后二十天。是日下午三时，聂士成独率数十骑进入州城。全州城经过此番战火，“庐舍焚毁，民无栖止”。查明流离失所者共九万家。聂士成令“开列名单，每家给以洋银二元，聊助牵萝补屋之费”。七日，又发布告示，表示希望“本统领旋师之后，尔等士农工贾务须守法奉公，各安生业，同享太平之福”。即离开全州。十日，聂士成回牙山，向叶志超报告全州事件业已处理完毕。并建议速请李鸿章“派轮接队内渡，免启衅端”。叶志超则犹豫不决。当天夜晚，聂士成致电李鸿章，报告“前敌招抚情形，并请撤队内